受國務院新型農村合作醫(yī)療部際聯(lián)席會議辦公室委托，由北京大學、中國社會科學院、農業(yè)部農村經濟研究中心和衛(wèi)生部統(tǒng)計信息中心組成的評估工作組，于2006年3月至7月對2003年啟動的新型農村合作醫(yī)療試點縣的運行狀況進行了全面評估。
本次評估收集了全國29個省、自治區(qū)、直轄市257個第一批試點縣的新型農村合作醫(yī)療管理機構、縣醫(yī)院和238個鄉(xiāng)鎮(zhèn)衛(wèi)生院的機構資料，以及17個省32個縣19195戶（共69208人）的入戶調查資料和1471人的補充調查資料，并在18個縣開展了典型調查，進行了近500人（次）的深入訪談或專題小組討論。分為4個專題評估小組（新型農村合作醫(yī)療制度、醫(yī)療服務提供方、醫(yī)療服務需方利用、新型農村合作醫(yī)療制度和農村醫(yī)療救助相結合情況）對資料進行了系統(tǒng)分析和研究，并撰寫了專題評估報告。在此基礎上，評估組完成了總的評估報告。
評估結果顯示，新型農村合作醫(yī)療試點工作進展比較順利，取得了明顯成效，積累了寶貴經驗，為新型農村合作醫(yī)療工作的推廣打下了良好的基礎。新型農村合作醫(yī)療的規(guī)范管理和運行機制初步形成，基金運轉安全，制度運行平穩(wěn)，農村居民醫(yī)療服務利用率明顯改善，醫(yī)藥負擔有所減輕，農民對合作醫(yī)療的信心有所增強，促進了農村衛(wèi)生的發(fā)展。
評估組認為，新型農村合作醫(yī)療在組織體系、籌資機制、資金管理和監(jiān)督管理等方面的制度框架和基本原則，是在總結歷史教訓和試點經驗的基礎上逐步形成的，符合大多數農村實際，在一個時期內可以保持基本穩(wěn)定，積極推廣和發(fā)展。在實施過程中，各地區(qū)積極探索適合于本地區(qū)實際的合作醫(yī)療補償模式、實施方案和管理制度，保證了基本制度框架的統(tǒng)一與因地制宜的結合，具有較強的適用性和發(fā)展性。事實證明，盡管新型農村合作醫(yī)療在具體運行機制和管理辦法方面，還需要根據形勢的發(fā)展、農民群眾的意愿以及運行情況逐步調整和完善，但是基本制度是成功的、可行的，是符合農村實際和大多數農民意愿的，應該加快推行。
經過三年多試點，新型農村合作醫(yī)療工作取得了以下具體成效。一是政府職責基本到位，明確了政府的籌資責任和管理責任。二是探索了適宜的補償模式。各試點地區(qū)因地制宜制定合作醫(yī)療實施方案，并根據實際運行情況和農民反映對實施方案及時調整。第一批試點縣合作醫(yī)療基金使用率從2004年的71%提高到2005年的91%。三是新型農村合作醫(yī)療制度得到農民的廣泛認可，參合率不斷上升。入戶調查表明，有90%的參合農民家庭表示下一年愿意繼續(xù)參加，在未參加的農民中，有51%的人表示下年度要參加合作醫(yī)療。四是農民基本醫(yī)療服務利用得到改善，就醫(yī)經濟負擔有所減輕。與未開展合作醫(yī)療的地區(qū)相比，開展合作醫(yī)療地區(qū)的參合農民兩周門診就診率提高了8.3%（實施門診統(tǒng)籌的地區(qū)，兩周門診就診率提高了33.2%），住院率提高了52.7%；農民就醫(yī)經濟負擔有所減輕，2004年平均住院費用占農民純收入的比例從補償前的89%下降到補償后的65%；兩周患病未就診比例降低了10.7%，應住院而未住院率降低了15%。五是促進了農村衛(wèi)生的發(fā)展，強化了醫(yī)療服務的規(guī)范管理。新型農村合作醫(yī)療的建立，改善了農村醫(yī)療衛(wèi)生機構的服務提供，提高了縣、鄉(xiāng)、村醫(yī)療衛(wèi)生機構的資源利用效率。同時，由于合作醫(yī)療建立了藥品報銷目錄和嚴格的轉診制度，部分試點地區(qū)在運行過程中采取了按病種付費等一系列較嚴格的監(jiān)管措施，在一定程度上約束了提供者不規(guī)范的醫(yī)療行為，對控制醫(yī)療費的增長起到了一定的作用。合作醫(yī)療的開展有利于醫(yī)療機構的規(guī)范管理，基層醫(yī)療機構統(tǒng)計資料和病歷質量明顯改善，計算機管理逐步普及。
評估發(fā)現(xiàn)，試點工作仍然存在一些困難與問題。下一步工作應鞏固試點，健全機制，完善政策，在長效籌資機制、保障水平、管理能力以及監(jiān)管方面加強工作。
評估組建議：一是應當逐步建立正常的、穩(wěn)定的、與社會經濟發(fā)展、適宜保障水平以及醫(yī)療費用自然增長水平相適應的籌資機制，逐步提高保障水平。有條件的地區(qū)要逐步探索按農戶實際收入即按農戶經濟能力繳費的機制。同時，要建立政府籌資水平隨財政收入增長而增加的制度。二是建立健全合作醫(yī)療管理體系，加強管理能力建設。明確各級政府及其相關職能部門在合作醫(yī)療管理資源配置方面的職責，保證合作醫(yī)療相關管理資源的足額配置。三是穩(wěn)妥推行，保持與政府財力和地方管理能力相適應的推進速度。嚴格執(zhí)行新型農村合作醫(yī)療擴點標準，有條件、有計劃的穩(wěn)妥推進。在條件比較成熟的省份，可加快新型農村合作醫(yī)療的推進速度。四是進一步明確基本制度統(tǒng)一、對不同地區(qū)實施分類指導的發(fā)展原則。在保持現(xiàn)有基本制度的前提下，允許和鼓勵在有條件的發(fā)達地區(qū)，新型農村合作醫(yī)療逐步與其它社會醫(yī)療保險統(tǒng)籌發(fā)展。在補償模式上，讓地方管理者在客觀了解各種模式優(yōu)劣的基礎上，根據本地的實際情況自行做出選擇。五是強化新型農村合作醫(yī)療監(jiān)管，提高管理效率。明確監(jiān)管主體和監(jiān)管對象，建立健全監(jiān)管制度，建立有效的激勵與約束機制。同時，充分發(fā)揮農民參與監(jiān)管的作用。六是推進配套制度改革，改善新型農村合作醫(yī)療制度的外部環(huán)境。包括加強農村衛(wèi)生服務體系建設，加強衛(wèi)生人才隊伍建設，推進農村醫(yī)療機構管理體制和補償機制、醫(yī)療服務價格、藥品流通體制等相關改革，加大對農村醫(yī)療救助的投入力度。
