為進一步加強林業(yè)生態(tài)工程建設資金的使用與管理，提高資金的安全性、規(guī)范性和有效性，財政部和國家林業(yè)局在原《重點地區(qū)天然林資源保護工程建設資金管理規(guī)定》（財基字[1999]92號）及《林業(yè)重點生態(tài)工程建設資金管理暫行規(guī)定》（林計發(fā)[2002]261號）的基礎上，針對近年來在資金檢查中發(fā)現(xiàn)的主要問題，以及預算管理體制、資金撥付方式改變的實際情況，根據(jù)《中華人民共和國預算法》、《基本建設財務管理規(guī)定》（財建[2002]394號）等有關法律、法規(guī)和規(guī)章制度，結合林業(yè)生態(tài)工程特點，聯(lián)合制定出臺了《林業(yè)生態(tài)工程建設資金管理辦法》，該辦法的主要內容包括：
一、明確了林業(yè)生態(tài)工程建設資金的概念
《辦法》所指林業(yè)生態(tài)工程建設資金，是指用于天然林保護工程、退耕還林工程、三北和長江流域等防護林體系建設工程、京津風沙源治理工程、野生動植物保護及自然保護區(qū)建設工程、濕地保護工程、林木種苗工程、重點森林火險區(qū)綜合治理工程等的中央預算內固定資產(chǎn)投資補助資金（含國債項目資金）。
二、明確了林業(yè)生態(tài)工程建設資金預算下達的方式和管理要求。
財政部依據(jù)有關規(guī)定審核、下達林業(yè)生態(tài)工程建設資金預算，中央本級項目預算下達中央單位；補助地方項目預算，下達省級財政部門，同時抄送國家林業(yè)局。省級財政部門在收到中央財政預算文件后，商同級林業(yè)部門按規(guī)定及時審核下達預算。林業(yè)生態(tài)工程建設資金實行“先審核，后下達預算”的辦法，財政部門按有關規(guī)定對不符合要求的項目可以暫緩或停止下達預算。預算下達后，必須嚴格執(zhí)行。未經(jīng)批準，任何單位和個人不得擅自調整。對確需調整的，應嚴格按照預算調整的相關規(guī)定執(zhí)行。補助地方林業(yè)生態(tài)工程的中央預算內固定資產(chǎn)投資補助資金要納入地方同級財政預算管理。
三、規(guī)定了林業(yè)生態(tài)工程建設資金的支出范圍。
林業(yè)生態(tài)工程建設資金必須嚴格按照國家批復的總體規(guī)劃、實施方案或初步設計確定的建設內容和標準安排使用，主要用于：前期工作、科技支撐、封山（沙）育林、人工造林、飛播造林（含飛后管護）、森林防火、野生動植物保護及保護區(qū)基礎設施建設、種苗補助、建設單位管理費、招投標費等。
各地區(qū)、各單位不得以任何方式擠占、截留、滯留、挪用建設資金。
四、明確了林業(yè)生態(tài)工程建設資金監(jiān)督檢查的重點，強調了有關責任追究的要求。
《辦法》規(guī)定各級財政部門、林業(yè)部門要加強對林業(yè)生態(tài)工程建設資金的監(jiān)督和檢查。對發(fā)現(xiàn)的問題，要按照有關規(guī)定做出檢查結論，并將相關情況上報財政部和國家林業(yè)局。對造林任務完成情況；實際造林方式、樹種與作業(yè)設計比較情況；種苗費、整地費、撫育費等合同簽訂情況；建設單位管理費；待核銷基建支出；地方財政配套資金到位情況；政府采購和招投標情況等進行重點審核。
《辦法》強調凡違反規(guī)定，弄虛作假，騙取、擠占、滯留、挪用資金或項目未按規(guī)定實施的，除將已撥付資金全額收繳國庫外，各級財政部門要立即停止對建設單位所在地區(qū)的資金撥付，直至糾正。對有關責任人要根據(jù)《財政違法行為處罰處分條例》（國務院令第427號）等有關規(guī)定進行處理并依法追究行政責任。
