１９９２年，海協(xié)會與?；鶗谙愀劬蛢砂妒聞?wù)性商談中如何表述堅持一個中國原則的問題進行討論，后來形成“九二共識”，為海協(xié)會和海基會的商談奠定了基礎(chǔ)。
１９９３年４月，海協(xié)會會長汪道涵和海基會董事長辜振甫在新加坡舉行會談，這是自１９４９年以來兩岸高層人士首次以民間名義進行的公開會晤。這次會晤建立了兩岸制度化協(xié)商的機制，標(biāo)志著兩岸關(guān)系邁出了歷史性的重要一步?！巴艄紩劇焙炇鹆恕锻艄紩劰餐瑓f(xié)議》等４項協(xié)議，推動了兩岸經(jīng)貿(mào)往來和民間交流的發(fā)展。此后，雙方又舉行了２０多次不同層級的商談以及１９９８年在上海舉行的“汪辜會晤”。這一期間兩會協(xié)商取得的成果，受到了兩岸同胞的歡迎和國際社會的肯定。
１９９９年李登輝拋出“兩國論”后，兩會商談被迫中斷。
２００８年６月，海協(xié)會與?；鶗诒本┱归_商談。陳云林就繼續(xù)推進兩會協(xié)商交往提出三點意見。海協(xié)會與海基會就雙方互設(shè)辦事處達成共識。兩會領(lǐng)導(dǎo)人簽署兩岸包機會談紀(jì)要與大陸居民赴臺灣旅游協(xié)議。這是兩會領(lǐng)導(dǎo)人十年來的首次會談，標(biāo)志著中斷九年的兩會制度化協(xié)商正式恢復(fù)。
２００８年１１月４日，海峽兩岸關(guān)系協(xié)會會長陳云林與臺灣海峽交流基金會董事長江丙坤在臺北舉行會談。雙方就兩岸空運直航、海運直航、郵政合作、食品安全等議題進行了商談，就繼續(xù)促進大陸居民赴臺灣旅游、合作應(yīng)對國際金融危機、加強兩岸經(jīng)濟交往開展了對話，并就下一階段兩會協(xié)商議題、加強會務(wù)聯(lián)系、開展交流合作等事宜交換了意見。
四項議題取得重要共識
兩會簽署四項協(xié)議 兩岸“三通”大步邁進
２００９年４月２６日，海峽兩岸關(guān)系協(xié)會會長陳云林與臺灣海峽交流基金會董事長江丙坤在南京紫金山莊舉行兩會恢復(fù)協(xié)商以來的第三次會談。雙方就兩岸空中定期航班、兩岸金融合作、兩岸共同打擊犯罪及司法互助等議題進行了商談，就大陸資本赴臺投資事宜交換意見，并討論了下半年兩會協(xié)商議題規(guī)劃、加強會務(wù)聯(lián)系與交流合作等事宜。
海峽兩岸金融合作協(xié)議
海峽兩岸空運補充協(xié)議
海峽兩岸共同打擊犯罪及司法互助協(xié)議
