為解決原預算科目體系存在的問題，2005年12月27日，政府收支分類改革正式實施。改革主要包括三方面內(nèi)容：一是對政府收入進行統(tǒng)一分類，全面、規(guī)范、明細地反映政府各項收入來源。在原來一般預算收入、政府性基金預算收入、債務預算收入的基礎上，將預算外收入和社會保險基金收入納入了政府收支分類范疇，并按照科學標準和國際通行做法重新劃分。二是確立新的政府支出功能分類，以便清晰反映政府職能活動的支出總量、結構與方向。新的支出功能分類不再按經(jīng)費性質(zhì)設置科目，而是按政府的職能設置，如國防、教育等。三是確立新的政府支出經(jīng)濟分類，明細反映政府各項支出的具體用途。如政府教育支出，究竟是蓋了校舍、買了設備還是發(fā)了工資，可通過經(jīng)濟分類來反映。新的政府收支分類解決了支出預算“外行看不懂、內(nèi)行說不清”的問題，有利于完整、清晰地反映政府收支規(guī)模和教育、科技、農(nóng)業(yè)、社會保障等政府重要職能活動，而且還有利于提高預算透明度，合理配置政府資源，從源頭上防治腐敗。
新的政府收支分類從2007年預算編制正式使用。為做好有關準備工作，2006年各級財政部門將其作為頭等大事來抓，認真制定了工作計劃，各項工作有條不紊，進展順利。一是及時出臺改革方案，精心設計報表軟件。為配合改革方案的理解與執(zhí)行，財政部門組織編寫了《政府收支分類改革問題解答》等相關材料，研究制定了各類預算表格和參考樣表，完成了相關報表軟件的修改設計工作。二是全面進行改革動員，扎實組織業(yè)務培訓。初步統(tǒng)計，從2月份財政部啟動培訓到6月份培訓基本結束，僅各級預算、國庫、信息網(wǎng)絡中心、財政監(jiān)察專員辦以及各部門、各預算單位組織的業(yè)務培訓，就達數(shù)十萬人次，是歷次財政改革之最。三是以新舊科目銜接為龍頭，成功實施預算執(zhí)行數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換。為順利實現(xiàn)新舊科目的平穩(wěn)過渡，財政部研究制定了新舊科目對照表。各地區(qū)和各部門在此基礎上，均結合實際情況制定了本地區(qū)、本部門的新舊科目轉(zhuǎn)換對應關系表等，確保了舊科目到新科目有跡可循、新科目到舊科目有史可查。（財政部提供）
