國防科工委認真貫徹落實國務(wù)院常務(wù)會議批準的《國防科技工業(yè)“十一五”發(fā)展和改革意見》，全面部署科技創(chuàng)新、人才隊伍建設(shè)、國際合作與交流、協(xié)作配套、民品發(fā)展等重要工作，制定了一批有針對性的、管長遠的基礎(chǔ)性文件，進一步明確了新時期國防科技工業(yè)的戰(zhàn)略定位、根本方針、發(fā)展戰(zhàn)略、奮斗目標、推進措施。
2006年，國防科工委發(fā)布了《國防科技工業(yè)中長期科學(xué)和技術(shù)發(fā)展規(guī)劃綱要》、《國防科技工業(yè)“十一五”發(fā)展規(guī)劃綱要》；配合有關(guān)部門報國務(wù)院批準發(fā)布了《船舶工業(yè)中長期發(fā)展規(guī)劃》，《2006年中國的航天》、《2006年中國的國防》白皮書。國務(wù)院通過并公布了《核出口管制條例》、《民用爆炸物品安全管理條例》等法規(guī)。制定并發(fā)布了《國防科學(xué)技術(shù)獎勵辦法》、《國防科工委聽證規(guī)則》、《國防科工委行政處罰實施辦法（試行）》和民用爆炸物品生產(chǎn)許可、銷售許可、安全生產(chǎn)許可實施辦法共6部規(guī)章；提出了新形勢下進一步發(fā)揮地方國防科工委（辦）職能作用，增強國防科技工業(yè)自主創(chuàng)新能力，加強工藝創(chuàng)新等方面的政策措施；制定了《造船企業(yè)的生產(chǎn)條件》、《非國有企業(yè)軍工項目投資有關(guān)問題的意見》、《武器裝備配套產(chǎn)品訂貨合同文本（試行）》等一批行業(yè)管理規(guī)范性文件。研究提出了工藝創(chuàng)新標準體系。核電、宇航、民機、民船、民爆及安全生產(chǎn)等標準化工作全面展開并取得階段性成果。加強了市場準入管理，嚴格行政許可、保密資質(zhì)認證工作。民爆行業(yè)產(chǎn)業(yè)結(jié)構(gòu)調(diào)整取得重要進展，“小、散、低”現(xiàn)象開始得到治理。軍工集團公司管理績效綜合評價工作有序開展。突出抓好安全保密制度建設(shè)及內(nèi)部防范，加大監(jiān)督檢查力度，安全防范能力得到加強。電子政務(wù)和信息化建設(shè)成效顯著。國家核應(yīng)急協(xié)調(diào)委的協(xié)作聯(lián)動機制得到加強。
